在此期间，马平亚教授将与国家重点实验室河口海岸综合治理与保护研究方向河口海岸动力学团队开展深入的合作交流，具体针对河口水沙运动机理及长江口深水航道治理关键技术这一课题进行研究，同时开展细颗粒粘性泥沙运动机理的研究，指导团队年轻老师在国际高水平学术杂志上发表高水平的文章、为广大师生开展关于有关河口治理方面前沿科学性的学术讲座。