水灾害防御全国重点实验室前身是水文水资源与水利工程科学国家重点实验室，实验室于2005年3月经科技部批准，依托河海大学和南京水利科学研究院共同建设，2007年6月通过验收。2013、2018年连续评为优秀类国家重点实验室。2023年3月，国家科技部正式批准通过实验室重组为水灾害防御全国重点实验室。现任学术委员会主任张建云院士，实验室主任鲁春辉教授。

实验室围绕水利领域国家重大需求，整合优势资源，汇聚高层次人才，聚焦水灾害防御领域应用基础研究，攻克重大工程关键技术难题，打造我国水灾害防御“支撑有力、前沿领先、根基深厚的国家战略科技支撑力量”。